Procjenjuje se da Istra ima više od dvije tisuće špilja, jama, ponora i pećina. Najpoznatije se Pazinska jama, jama Baredine , Romualdova špilja, Pincinova jama, špilja Feštinsko kraljevstvo, Špilja Mramornica, Pećina Laganiši, i Markova jama.
Jama Baredine
Blizu Poreča, kraj Nove Vasi, nalazi se jama Beredine - geomorfološki spomenik prirode s pet dvorana. Ispod četvrte nalaze se podzemna jezera dubine do 33 m. Bogatstvom oblika stalaktita i stalagmita priroda se poigrala tvoreći prirodne «eksponate» nalik na toranj u Pisi, snjegovića, hobotnicu, mljekaricu Milku (prema legendi, zločin nezadovoljne majke njenog ljubavnika), Gospe... U četvrtoj dvorani su i «viseći zastori». U petoj je malo jezerce u kojoj je magična čovječja ribica i skoro prozirni mali račići. Za posjetitelje je otvorena od 1995., a posjeta s posebnim vodičem traje četrdesetak minuta. Temperatura jame se svih 12. mjeseci ne mijenja, uvijek iznosi 14 stupnjeva.
Pazinska jama
Legenda kaže da je div Dragonja udario nogom o zemlju, taman ispod litice na kojoj se uzdizao Pazinski Kaštel. Tako je umjesto treće rijeke nastala vijugava rječica Pazinčica čija se voda i dan danas netragom gubi u vrletnoj Pazinskoj jami kako je to ispripovjedio poznati hrvatski pisac Vladimir Nazor. Vjeruje se da je i Dante posjetio Pazin (nakon Pule) i dobio dodatnu inspiraciju za Božansku komediju, pogotovo dio o silasku u pakao. Pazinska jama nadahnjuje svjetski poznatoga pisca Julesa Vernea, koji u romanu Mathias Sandorf, provodi junake podzemljem jame od Pazina do Limskog kanala. Riječ je o ponoru koji je nastao na dodiru vodonepropusne podloge sliva Pazinčice i vodopropusnih vapnenaca koji izgrađuju cijeli prostor jugozapadne Istre.
Romualdova Špilja (Špilja Sv. Romualda)
Ovu 105 metara dugu špilju čine nekoliko impresivnih dvorana koje su sačuvale dokaze o neprestanom postojanju života još iz prapovijesti. Ulazak u špilju visok je 47 centimetara, a glavna dvorana pet do šest metara. Romualdova pećina je speleološki fenomen, jer se špiljski ukrasi nalaze samo s lijeve strane dok je desna prazna. Temperatura špilje je kroz cijelu godinu od 14-17°C.
Najzanimljiviji predmeti nađeni tijekom tog ispitivanja dokazuju da je na ovom lokalitetu boravio čovjek - lovac iz paleolitika (starijeg kamenog doba). Špilja je značajna i po tome što je u njoj živio svetac Sveti Romualdo koji je uz molitvu i meditaciju u špilji boravio tri godine (od 1002. – 1005. g.).
Špilja Mramornica
Nalazi se kod Brtonigle i u literaturi je poznata od 1770. godine, kada ju je posjetio i opisao poznati putopisac Alberto Fortis. Ima jednu od najvećih podzemnih dvorana u Istri, veliku gotovo kao nogometno igralište. Bogata je sigama raznih boja i ogromnim stalagmitima, visokim i do trinaest i promjera do deset metara.
Feštinsko kraljevstvo
Unutrašnjost špilje blizu sela Feštini nedaleko Žminja uređena je sigurnim stazama duljine stotinjak metara te kao i prethodne špilje dostupna posjetiteljima. Špilja oduševljava ljepotom raznolikih sigastih oblika među kojima se posebno ističu: „čarobnjakov šešir“, „kula babilonska“ i ogromna „šišmiševa krila“ preko kojih se proteže korijen vinove loze, koja crpi vodu sa špiljskog dna.